在立山国际高中的校园里，白羽由希奈面对着远去的母亲·洋海的离开，如暴风雨般匆匆而去。她身后，荻布美夏紧随其后，共同前往黑部研究所，只为了归还遗忘于此的智能手机。踏入研究所大厅，她们如约将手机交还于洋海，然而，正当他们与研究所的熟悉面孔交谈之际，一颗火球突然飞来，震碎了窗户玻璃，带来了震撼的冲击波。警报声此起彼伏，研究所内的地基成为了临时的避难所，而与警备员的对抗却不期而至。身份不明的侵略者与他们展开了激烈的战斗，让一切陷入混乱之中。然而，在这混乱的背后，由希奈的目光却被实验室里发出奇异光芒的方块所吸引。而就在此时，立山黑部峡谷的秘密也在一次次修筑大坝的过程中逐渐揭开。神秘的遗迹被发现，引发了对“Artifact”的研究。国际联合黑部研究所因此应运而生，世界各国的首脑们汇聚于此。而在这一切的背后，立山国际高中成为了这场研究的重要一环，其中包括研究所长的女儿、白羽由希奈。2016年的夏天，一个武士再次苏醒，注定要在这片神秘的土地上掀起一场不为人知的风暴。